通常の株式会社・有限会社の場合の設立手順は

　・定款（会社の憲法）を作成する。
　・公証人役場で定款の認証を受ける。
　・金融機関で資本金の払い込みをする。
　・登記申請書類を作成する。
　・法務局で登記申請をする。
　・登記申請に不備がなければ会社が登記され法律上、新会社が生まれる。

という流れを経て設立されます。
ですから、会社設立までに関わる役所は「公証人役場」と「法務局」の2ヶ所だけでした。　
ところが、確認株式会社・有限会社の場合は、これにもう一つ役所が関わります。
それが「経済産業局」です。
通常の株式会社・有限会社は定款の認証を受けた後に登記申請の準備に入りますが、確認株式会社・有限会社の場合は定款認証の後に経済産業局に「確認申請」をして確認を受けるという手順が追加されます。
「確認」というのは、会社を設立しようとする創業者が要件を満たしているかどうかの確認を受けるものです。しかし通常の株式会社・有限会社は「確認」など受けずに原則として誰でも創業者として会社を設立できます。ですがこの確認株式会社・有限会社は「一定の要件を満たしている人」しか創業者とは成れないのです。

ところで、何故今回、株式会社・有限会社がこんなに簡単に（手続きは面倒になったが、資本金の準備という意味では従来と比較にならないほど簡単）設立できるようになったことがそんなに画期的なのでしょうか。
元々、資本金１円で設立できる合資会社・合名会社というものも存在しています。
ところが、合資会社・合名会社と株式会社・有限会社とでは創業者にとって天と地ほどの差があるのです。
それは何も対外的なイメージだけではありません。
合資会社・合名会社ではその代表者は「無限責任」を負わされるのです。
つまり、会社が負った債務は全て代表者個人の債務と同じなのです。
ですから、会社の債務を会社のお金で払いきれない場合は、個人の財産を投げ打ってでも責任を負わなければならない法律上の規定があるのです。
ところが、株式会社、有限会社の代表者は「有限責任」です。
ですから、自分が投資した資本金の範囲のみ（有限）で責任を負えばよく、原則として会社の債務と個人の責任は切り離して考えられるのです。
これが天と地の差です。
但し、いかなる場合も責任を逃れられるかというと、そういう訳ではありません。「有限責任」を逆手にとって不正を働いたような場合は「法人格否認」といって代表者個人の責任が問われることもあります。
この辺の、代表者のリスクについて興味のある方は、「起業のリスク」のページもご覧になってください。

この確認株式会社・有限会社が設立できる特例は5年間だけの時限立法です。
もちろん、こうした制度に踊らされるのではなく、じっくりと検討の上、上手に活用することが大切です。